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시스템 관리_07 RHEL/CentOS에서 손상되거나 잠긴 RPM 데이터베이스(/var/lib/rpm) 복구 및 정리 방법

 
  • Sep 19, 2026
  • 출처 / 참고: 리눅스 패키지 관리 및 RPM 데이터베이스 복구 가이드

    명령어: rpm --rebuilddb, rm -f /var/lib/rpm/__db*, yum clean all / dnf clean all, lsof /var/lib/rpm/Packages
    키워드: RPM Database Corruption, BDB Lock, sqlite, Stale Lock, Packages, rebuilddb
    사용처: yum/dnf 실행 시 응답 없음(무한 대기), rpmdb open failed 오류 발생 시, 비정상 종료로 인한 BDB 락 파일 정리 및 데이터베이스 재구축

실행예제

# 1. yum/dnf 또는 rpm 명령 실행 시 락 또는 손상 에러 확인
$ sudo yum check-update
Loaded plugins: fastestmirror
error: db5 error(-30973) from dbenv->open: BDB0087 DB_RUNRECOVERY: Fatal error, run database recovery
error: cannot open Packages index using db5 -  (-30973)
error: cannot open Packages database in /var/lib/rpm
CRITICAL:yum.main:

Error: rpmdb open failed

# 2. RPM 데이터베이스 디렉터리 내 점유 프로세스 확인 (Stale Process 점검)
$ sudo lsof /var/lib/rpm/*
COMMAND   PID USER   FD   TYPE DEVICE SIZE/OFF   NODE NAME
yum     14521 root    6uW  REG  253,0  2129920 131201 /var/lib/rpm/Packages

# 3. RPM 데이터베이스 잠금 파일(__db.*) 및 손상 징후 확인
$ ls -la /var/lib/rpm/__db*
-rw-r--r--. 1 root root   24576 Sep 22 13:10 /var/lib/rpm/__db.001
-rw-r--r--. 1 root root  229376 Sep 22 13:10 /var/lib/rpm/__db.002
-rw-r--r--. 1 root root 1318912 Sep 22 13:10 /var/lib/rpm/__db.003

   

스크립트

#!/usr/bin/env bash
#
# RHEL/CentOS RPM Database 손상 복구 및 잠금 해제 스크립트
#

set -euo pipefail

echo "=== [1] 실행 중인 중복 yum/dnf/rpm 프로세스 강제 종료 ==="
pkill -9 -f "yum" || true
pkill -9 -f "dnf" || true
pkill -9 -f "rpm" || true

BACKUP_DIR="/var/lib/rpm_backup_$(date +%Y%m%d_%H%M%S)"
echo "=== [2] 기존 RPM 데이터베이스 안전 백업 생성: ${BACKUP_DIR} ==="
mkdir -p "${BACKUP_DIR}"
cp -a /var/lib/rpm/ "${BACKUP_DIR}/"

echo "=== [3] 잠금 파일 및 임시 환경 파일(__db.*) 제거 ==="
# RHEL 6/7/8(BDB 환경) 잠금 파일 정리
rm -f /var/lib/rpm/__db*
# sqlite 기반(RHEL 8/9 일부 환경) 임시 락 및 저널 파일 정리
rm -f /var/lib/rpm/.rpm.lock /var/lib/rpm/rpmdb.sqlite-wal /var/lib/rpm/rpmdb.sqlite-shm 2>/dev/null || true

echo "=== [4] RPM 데이터베이스 재구축 (rebuilddb) ==="
rpm --rebuilddb -v

echo "=== [5] 패키지 매니저 캐시 정리 및 인덱스 갱신 ==="
if command -v dnf >/dev/null 2>&1; then
    dnf clean all
    dnf makecache
elif command -v yum >/dev/null 2>&1; then
    yum clean all
    yum makecache
fi

echo "=== [6] RPM 데이터베이스 정합성 검증 ==="
rpm -qa | wc -l >/dev/null
echo "=== [완료] RPM 데이터베이스가 정상적으로 복구되었습니다. ==="

   

해설

  1. 에러 원인 분석:
    • 패키지 설치(yum install / dnf update) 도중 강제 재부팅, 프로세스 비정상 종료(SIGKILL), 혹은 디스크 I/O 병목이 발생하면 Berkeley DB(BDB) 트랜잭션 락(__db.*)이 해제되지 못하고 고아 파일(Stale Locks)로 남게 됩니다.
    • 이로 인해 후속 명령어가 데이터베이스 잠금을 획득하지 못해 무한 대기 상태에 빠지거나, 인덱스 불일치로 DB_RUNRECOVERY 또는 rpmdb open failed 오류가 발생합니다.
  2. 복구 절차 및 핵심 로직:
    • 프로세스 정리 및 백업: 아직 백그라운드에 물려 있는 좀비 패키지 프로세스를 정리한 뒤, 원본 /var/lib/rpm/ 디렉터리를 백업하여 복구 실패 시 롤백이 가능하도록 보장합니다.
    • 락 파일 제거 (rm -f /var/lib/rpm/__db*): 패키지 메타데이터 본체(Packages 파일 등)는 건드리지 않고 공유 메모리 및 동기화용 락 파일만 제거하여 점유 상태를 해제합니다.
    • 인덱스 재구축 (rpm --rebuilddb): 기존 Packages 파일에 기록된 정보를 바탕으로 손상된 BDB/SQLite 헤더와 인덱스 테이블을 완전히 새로 생성합니다.
    • 캐시 갱신 (clean all): 손상된 기존 메타데이터 캐시를 완전히 비우고 저장소 리포지토리 정보를 새로 동기화합니다.

   

주의사항

  1. Packages 원본 파일 보호:
    • /var/lib/rpm/Packages(또는 RHEL 9/Fedora의 rpmdb.sqlite) 파일 자체가 물리적으로 손상(0 byte 등)된 경우 rpm --rebuilddb로도 복구가 불가능할 수 있으므로, 반드시 사전 백업을 확인해야 합니다.
  2. 배포판 버전별 데이터베이스 구조 차이:
    • RHEL 7/CentOS 7까지는 Berkeley DB(__db.*, Packages)를 기본 사용하지만, RHEL 8 후반 및 RHEL 9부터는 SQLite 백엔드(rpmdb.sqlite)를 기본으로 사용합니다. 스크립트 작성 시 해당 버전 환경을 감안해야 합니다.
  3. 디스크 여유 공간 점검:
    • 디스크 풀(No space left on device)로 인해 DB 쓰기가 중단되어 손상되는 경우가 흔하므로, 복구 전 반드시 df -h /var 명령으로 디스크 용량이 충분한지 점검해야 합니다.
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